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更新 'tasks/samtools.wdl'

tags/v0.0.1
chenqingwang hace 4 años
padre
commit
e2dc052a7c
Se han modificado 1 ficheros con 3 adiciones y 5 borrados
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    -5
      tasks/samtools.wdl

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tasks/samtools.wdl Ver fichero

@@ -7,11 +7,9 @@ task samtools {


command <<<
set -o pipefail
set -e
mkdir -p /cromwell_root/tmp/
cp ${bam_file} /cromwell_root/tmp/
/opt/conda/bin/samtools index -b /cromwell_root/tmp/${bam_id}
samtools index --help
samtools index -b ${bam_file} > ./${bam_id}.bai
cp ${bam_file} ./
>>>

runtime {

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