Преглед на файлове

更新 'tasks/samtools.wdl'

tags/v0.0.1
chenqingwang преди 4 години
родител
ревизия
e2dc052a7c
променени са 1 файла, в които са добавени 3 реда и са изтрити 5 реда
  1. +3
    -5
      tasks/samtools.wdl

+ 3
- 5
tasks/samtools.wdl Целия файл

@@ -7,11 +7,9 @@ task samtools {


command <<<
set -o pipefail
set -e
mkdir -p /cromwell_root/tmp/
cp ${bam_file} /cromwell_root/tmp/
/opt/conda/bin/samtools index -b /cromwell_root/tmp/${bam_id}
samtools index --help
samtools index -b ${bam_file} > ./${bam_id}.bai
cp ${bam_file} ./
>>>

runtime {

Loading…
Отказ
Запис