Procházet zdrojové kódy

更新 'tasks/samtools.wdl'

tags/v0.0.1
chenqingwang před 4 roky
rodič
revize
e2dc052a7c
1 změnil soubory, kde provedl 3 přidání a 5 odebrání
  1. +3
    -5
      tasks/samtools.wdl

+ 3
- 5
tasks/samtools.wdl Zobrazit soubor

@@ -7,11 +7,9 @@ task samtools {


command <<<
set -o pipefail
set -e
mkdir -p /cromwell_root/tmp/
cp ${bam_file} /cromwell_root/tmp/
/opt/conda/bin/samtools index -b /cromwell_root/tmp/${bam_id}
samtools index --help
samtools index -b ${bam_file} > ./${bam_id}.bai
cp ${bam_file} ./
>>>

runtime {

Načítá se…
Zrušit
Uložit