For RNA-seq data, from bams to AS Information files.
Nelze vybrat více než 25 témat Téma musí začínat písmenem nebo číslem, může obsahovat pomlčky („-“) a může být dlouhé až 35 znaků.

před 4 roky
před 4 roky
před 4 roky
před 4 roky
1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647
  1. task spladder {
  2. String sample_id
  3. File bam
  4. File bai
  5. File reference_gtf_file
  6. String docker
  7. String cluster
  8. String disk_size
  9. command <<<
  10. set -o pipefail
  11. set -e
  12. mkdir -p ${sample_id}/spladder_out
  13. spladder build --bams ${bam} \
  14. --annotation ${reference_gtf_file} \
  15. --ignore-mismatches \
  16. --confidence 2 \
  17. --readlen 150 \
  18. --parallel 4 \
  19. --outdir ${sample_id}/spladder_out
  20. find . -depth > fileList.txt
  21. >>>
  22. runtime {
  23. docker: docker
  24. cluster: cluster
  25. systemDisk: "cloud_ssd 40"
  26. dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/"
  27. }
  28. output {
  29. File fileList = "fileList.txt"
  30. Array[File] AS_gff = glob("${sample_id}/spladder_out/*.gff3")
  31. Array[File] AS_pickle = glob("${sample_id}/spladder_out/*.pickle")
  32. Array[File] AS_gz = glob("${sample_id}/spladder_out/*.gz")
  33. Array[File] AS_hdf5 = glob("${sample_id}/spladder_out/*.hdf5")
  34. Array[File] spladder = glob("${sample_id}/spladder_out/spladder/*")
  35. Array[File] tmp = glob("${sample_id}/spladder_out/tmp/*")
  36. }
  37. }