更新 'tasks/spladder.wdl' · fd92584e28 - Choppy for Reproducible Omics Pipeline

更新 'tasks/spladder.wdl'

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chenqingwang 3 年前

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965c88fe3b

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fd92584e28

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								+ 6
								
								- 1
							
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															        set -e
															
															        set -e
														
															        mkdir -p ${sample_id}/spladder_out
															
															        mkdir -p ${sample_id}/spladder_out
														
															        echo ${bam} > bam.txt
															
															        for i in ${sep=" " bam}
														
																	do
														
															        echo $i >> bam.txt
														
																	done                  
														
															        sed ':a ; N;s/\n/,/ ; t a ; ' bam.txt > alignment.txt
															
															        sed ':a ; N;s/\n/,/ ; t a ; ' bam.txt > alignment.txt
														
															        for i in ${sep=" " pickle}
															
															        for i in ${sep=" " pickle}