YaqingLiu
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cbcga-wes-qc
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1 Branch
Branch: master
Branches Tags
${ item.name }
Erstelle Branch ${ searchTerm }
von „master“
${ noResults }
YaqingLiu af52eb35df Update: default sentieon version vor 4 Jahren
pictures add realigner and bqsr vor 4 Jahren
tasks update vor 4 Jahren
.DS_Store add realigner and bqsr vor 4 Jahren
README.md add realigner and bqsr vor 4 Jahren
defaults Update: default sentieon version vor 4 Jahren
inputs add realigner and bqsr vor 4 Jahren
workflow.wdl update vor 4 Jahren

README.md

README.md

Author: Yaqing Liu

Email: yaqing.liu@outlook.com

Last Updates: 23/04/2021

Requirements

  • choppy
  • Ali-Cloud
  • Linux

Introduction

This APP is used to

  • convert a FASTQ file to an aligned BAM file.
  • QC the data at the level of FASTQ and BAM, based on FastQC, FastQ Screen and Qualimap.

Please carefully check the reference genome, bed file, etc.

Usage

open-choppy-env

choppy install YaqingLiu/cbcga-wes-qc-latest

choppy samples YaqingLiu/cbcga-wes-qc-latest --no-default
# sample_id,fastq_1,fastq_2

choppy batch YaqingLiu/cbcga-wes-qc-latest samples.csv -p Project -l Label

# Query the status of all tasks in the project
choppy query -L Label | grep "status"