YaqingLiu
/
cbcga-wes-qc
Sledovat 1
Oblíbit 0
Rozštěpit 0
Zdrojový kód Úkoly 0 Požadavky na natažení 0 Vydání 0 Wiki Aktivita
Nelze vybrat více než 25 témat Téma musí začínat písmenem nebo číslem, může obsahovat pomlčky („-“) a může být dlouhé až 35 znaků.
3 Revize
1 Větev
Větev: master
Větve Značky
${ item.name }
Vytvořit větev ${ searchTerm }
z „master“
${ noResults }
YaqingLiu af52eb35df Update: default sentieon version před 4 roky
pictures add realigner and bqsr před 4 roky
tasks update před 4 roky
.DS_Store add realigner and bqsr před 4 roky
README.md add realigner and bqsr před 4 roky
defaults Update: default sentieon version před 4 roky
inputs add realigner and bqsr před 4 roky
workflow.wdl update před 4 roky

README.md

README.md

Author: Yaqing Liu

Email: yaqing.liu@outlook.com

Last Updates: 23/04/2021

Requirements

  • choppy
  • Ali-Cloud
  • Linux

Introduction

This APP is used to

  • convert a FASTQ file to an aligned BAM file.
  • QC the data at the level of FASTQ and BAM, based on FastQC, FastQ Screen and Qualimap.

Please carefully check the reference genome, bed file, etc.

Usage

open-choppy-env

choppy install YaqingLiu/cbcga-wes-qc-latest

choppy samples YaqingLiu/cbcga-wes-qc-latest --no-default
# sample_id,fastq_1,fastq_2

choppy batch YaqingLiu/cbcga-wes-qc-latest samples.csv -p Project -l Label

# Query the status of all tasks in the project
choppy query -L Label | grep "status"