Se han modificado 1 ficheros con 2 adiciones y 2 borrados
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tasks/Haplotyper.wdl
Ver fichero
| @@ -21,7 +21,7 @@ task Haplotyper { | |||
| set -e | |||
| export SENTIEON_LICENSE=192.168.0.55:8990 | |||
| nt=$(nproc) | |||
| if [ ${regions} ]; then | |||
| INTERVAL="--interval ${regions} --interval_padding ${interval_padding}" | |||
| else | |||
| @@ -29,7 +29,7 @@ task Haplotyper { | |||
| fi | |||
| ${SENTIEON_INSTALL_DIR}/bin/sentieon driver -r ${ref_dir}/${fasta} -t $nt \ | |||
| -i ${recaled_bam} ${INTERVAL} \ | |||
| -i ${recaled_bam} $INTERVAL \ | |||
| --algo Haplotyper -d ${dbsnp_dir}/${dbsnp} ${sample}_hc.vcf | |||
| >>> | |||
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