Calculate the bed coverage of multiple BAM files before and after dedup
Du kannst nicht mehr als 25 Themen auswählen Themen müssen entweder mit einem Buchstaben oder einer Ziffer beginnen. Sie können Bindestriche („-“) enthalten und bis zu 35 Zeichen lang sein.
stead99 ff5c4f1de9 revised-bedtools-task vor 5 Jahren
tasks revised-bedtools-task vor 5 Jahren
README.md revised-bedtools-task vor 5 Jahren
input_samples_file.tsv revised-bedtools-task vor 5 Jahren
inputs revised-bedtools-task vor 5 Jahren
workflow.wdl revised-bedtools-task vor 5 Jahren

README.md

Author: Jun Shang

Email: shangjunv@163.com

Last Updates: 20/03/2020

Requirements

  • choppy
  • Ali-Cloud
$ source activate choppy
$ choppy install junshang/bedtools
$ choppy apps

quick start

  • 将 input_samples.tsv 放到阿里云,路径用户自己设定

input_samples_file.tsv 格式参考上述示例文件

  • 准备 samples.csv 文件,如下:
$ choppy samples junshang/bedtools-latest > samples.csv
$ choppy batch junshang/bedtools-latest samples.csv -p Your_project_name