Calculate the bed coverage of multiple BAM files before and after dedup
Du kannst nicht mehr als 25 Themen auswählen Themen müssen entweder mit einem Buchstaben oder einer Ziffer beginnen. Sie können Bindestriche („-“) enthalten und bis zu 35 Zeichen lang sein.
stead99 4ad1a4702f revised-readme vor 5 Jahren
tasks first-commit vor 5 Jahren
README.md revised-readme vor 5 Jahren
input_samples_file.tsv revised-readme vor 5 Jahren
inputs first-commit vor 5 Jahren
workflow.wdl first-commit vor 5 Jahren

README.md

Author: Jun Shang

Email: shangjunv@163.com

Last Updates: 20/03/2020

Requirements

  • choppy
  • Ali-Cloud
$ source activate choppy
$ choppy install junshang/bedtools
$ choppy apps

quick start

  1. 将 input_samples.tsv 放到阿里云,路径用户自己设定

input_samples_file.tsv 格式参考上述示例文件

  1. 准备 samples.csv 文件,如下:
$ choppy samples junshang/bedtools-latest > samples.csv
$ choppy batch junshang/bedtools-latest samples.csv -p Your_project_name