YaqingLiu
/
bedtools-multicov
форк від junshang/bedtools
Слідкувати 1
В обрані 0
Форк 0
Код Проблеми 0 Запити на злиття 0 Релізи 0 Вікі Активність
Calculate the bed coverage of multiple BAM files before and after dedup
Ви не можете вибрати більше 25 тем Теми мають розпочинатися з літери або цифри, можуть містити дефіси (-) і не повинні перевищувати 35 символів.
53 Коміти
1 Гілка
Гілка: master
Гілки Теги
${ item.name }
Створити гілку ${ searchTerm }
з 'master'
${ noResults }
bedtools-multicov/workflow.wdl

21 lines
368B
Неформатований Постійне посилання Blame Історія 

  1. import "./tasks/bedtools.wdl" as bedtools

  2. 

  3. workflow {{ project_name }} {

  4. 

  5. 	File input_bam_file

  6. 	File input_bai_file

  7. 	File bed_file

  8. 	Boolean include_dup

  9. 	Array[File] bam = read_lines(input_bam_file)

  10. 	Array[File] bai = read_lines(input_bai_file)

  11. 	

  12. 	call bedtools.bedtools as bedtools {

  13. 		input:

  14. 		bam=bam,

  15. 		bai=bai,

  16. 		include_dup=include_dup,

  17. 		bed_file=bed_file

  18. 	}

  19. }