YaqingLiu
/
bedtools-multicov
sforkowany z junshang/bedtools
Obserwuj 1
Polub 0
Forkuj 0
Kod Zgłoszenia 0 Oczekujące zmiany 0 Wydania 0 Wiki Aktywność
Calculate the bed coverage of multiple BAM files before and after dedup
Nie możesz wybrać więcej, niż 25 tematów Tematy muszą się zaczynać od litery lub cyfry, mogą zawierać myślniki ('-') i mogą mieć do 35 znaków.
53 Commity
1 Gałąź
Gałąź: master
Gałęzie Tagi
${ item.name }
Utwórz gałąź ${ searchTerm }
z 'master'
${ noResults }
bedtools-multicov/workflow.wdl

21 lines
368B
Czysty Bezpośredni odnośnik Wina Historia 

  1. import "./tasks/bedtools.wdl" as bedtools

  2. 

  3. workflow {{ project_name }} {

  4. 

  5. 	File input_bam_file

  6. 	File input_bai_file

  7. 	File bed_file

  8. 	Boolean include_dup

  9. 	Array[File] bam = read_lines(input_bam_file)

  10. 	Array[File] bai = read_lines(input_bai_file)

  11. 	

  12. 	call bedtools.bedtools as bedtools {

  13. 		input:

  14. 		bam=bam,

  15. 		bai=bai,

  16. 		include_dup=include_dup,

  17. 		bed_file=bed_file

  18. 	}

  19. }