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fix bug

master
YaqingLiu 4年前
コミット
6c3718b797
1個のファイルの変更3行の追加1行の削除
  1. +3
    -1
      tasks/bcftools.wdl

+ 3
- 1
tasks/bcftools.wdl ファイルの表示

set -e set -e
mkdir -p /cromwell_root/tmp/bcftools mkdir -p /cromwell_root/tmp/bcftools


for i in ${sep=" " vcf}
for i in $vcf
do do
bcftools view $i -Oz -o /cromwell_root/tmp/bcftools/$(basename $i.gz) bcftools view $i -Oz -o /cromwell_root/tmp/bcftools/$(basename $i.gz)
bcftools index /cromwell_root/tmp/bcftools/$(basename $i.gz) -f bcftools index /cromwell_root/tmp/bcftools/$(basename $i.gz) -f
done done


ls /cromwell_root/tmp/bcftools > a
cd /cromwell_root/tmp/bcftools cd /cromwell_root/tmp/bcftools
bcftools merge -m all -f PASS,. --force-samples *.gz | bcftools plugin fill-AN-AC | bcftools filter -i 'SUM(AC)>1' > panel_of_normal.vcf bcftools merge -m all -f PASS,. --force-samples *.gz | bcftools plugin fill-AN-AC | bcftools filter -i 'SUM(AC)>1' > panel_of_normal.vcf
>>> >>>
output { output {
File panel_of_normal_vcf = "panel_of_normal.vcf" File panel_of_normal_vcf = "panel_of_normal.vcf"
File a = "a"
} }
} }

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