21 zmienionych plików z 8 dodań i 8 usunięć
wes-somatic-hg38/.DS_Store → .DS_Store
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/LICENSE.md → LICENSE.md
Wyświetl plik
+ 8
- 0
README.md
Wyświetl plik
| #### Usage | |||||
| $ open-choppy-env | |||||
| $ choppy install ... | |||||
| #### inputSamplesFile | |||||
| sample_id tumor_fastq_1 tumor_fastq_2 normal_fastq_1 normal_fastq_1 | |||||
| inputSamplesFile is in the form of tsv, and should be put into Aliyun OSS. |
wes-somatic-hg38/defaults → defaults
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/inputs → inputs
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/tasks/BQSR.wdl → tasks/BQSR.wdl
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/tasks/Dedup.wdl → tasks/Dedup.wdl
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/tasks/Haplotyper.wdl → tasks/Haplotyper.wdl
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/tasks/Metrics.wdl → tasks/Metrics.wdl
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/tasks/PON.wdl → tasks/PON.wdl
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/tasks/Realigner.wdl → tasks/Realigner.wdl
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/tasks/TNscope.wdl → tasks/TNscope.wdl
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/tasks/TNseq.wdl → tasks/TNseq.wdl
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/tasks/annovar.wdl → tasks/annovar.wdl
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/tasks/bcftools.wdl → tasks/bcftools.wdl
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/tasks/corealigner.wdl → tasks/corealigner.wdl
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/tasks/deduped_Metrics.wdl → tasks/deduped_Metrics.wdl
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/tasks/mapping.wdl → tasks/mapping.wdl
Wyświetl plik
wes-somatic-hg38/tasks/vcf2maf.wdl → tasks/vcf2maf.wdl
Wyświetl plik
+ 0
- 8
wes-somatic-hg38/README.md
Wyświetl plik
| #### Usage | |||||
| $ open-choppy-env | |||||
| $ choppy install ... | |||||
| #### inputSamplesFile | |||||
| sample_id tumor_fastq_1 tumor_fastq_2 normal_fastq_1 normal_fastq_1 | |||||
| inputSamplesFile is in the form of tsv, and should be put into Aliyun OSS. |
wes-somatic-hg38/workflow.wdl → workflow.wdl
Wyświetl plik
Ładowanie…