21 změnil soubory, kde provedl 8 přidání a 8 odebrání
wes-somatic-hg38/.DS_Store → .DS_Store
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/LICENSE.md → LICENSE.md
Zobrazit soubor
+ 8
- 0
README.md
Zobrazit soubor
| @@ -0,0 +1,8 @@ | |||
| #### Usage | |||
| $ open-choppy-env | |||
| $ choppy install ... | |||
| #### inputSamplesFile | |||
| sample_id tumor_fastq_1 tumor_fastq_2 normal_fastq_1 normal_fastq_1 | |||
| inputSamplesFile is in the form of tsv, and should be put into Aliyun OSS. | |||
wes-somatic-hg38/defaults → defaults
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/inputs → inputs
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/tasks/BQSR.wdl → tasks/BQSR.wdl
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/tasks/Dedup.wdl → tasks/Dedup.wdl
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/tasks/Haplotyper.wdl → tasks/Haplotyper.wdl
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/tasks/Metrics.wdl → tasks/Metrics.wdl
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/tasks/PON.wdl → tasks/PON.wdl
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/tasks/Realigner.wdl → tasks/Realigner.wdl
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/tasks/TNscope.wdl → tasks/TNscope.wdl
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/tasks/TNseq.wdl → tasks/TNseq.wdl
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/tasks/annovar.wdl → tasks/annovar.wdl
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/tasks/bcftools.wdl → tasks/bcftools.wdl
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/tasks/corealigner.wdl → tasks/corealigner.wdl
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/tasks/deduped_Metrics.wdl → tasks/deduped_Metrics.wdl
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/tasks/mapping.wdl → tasks/mapping.wdl
Zobrazit soubor
wes-somatic-hg38/tasks/vcf2maf.wdl → tasks/vcf2maf.wdl
Zobrazit soubor
+ 0
- 8
wes-somatic-hg38/README.md
Zobrazit soubor
| @@ -1,8 +0,0 @@ | |||
| #### Usage | |||
| $ open-choppy-env | |||
| $ choppy install ... | |||
| #### inputSamplesFile | |||
| sample_id tumor_fastq_1 tumor_fastq_2 normal_fastq_1 normal_fastq_1 | |||
| inputSamplesFile is in the form of tsv, and should be put into Aliyun OSS. | |||
wes-somatic-hg38/workflow.wdl → workflow.wdl
Zobrazit soubor
Načítá se…