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master
YaqingLiu 5 년 전
부모
커밋
3c1c386fdc
2개의 변경된 파일5개의 추가작업 그리고 3개의 파일을 삭제
  1. +1
    -0
      inputs
  2. +4
    -3
      workflow.wdl

+ 1
- 0
inputs 파일 보기

@@ -1,4 +1,5 @@
{
"{{ project_name }}.sample": "{{ sample }}",
"{{ project_name }}.fastq_1": "{{ fastq_1 }}",
"{{ project_name }}.fastq_2": "{{ fastq_2 }}",
"{{ project_name }}.normal_recaled_bam": "{{ normal_recaled_bam }}",

+ 4
- 3
workflow.wdl 파일 보기

@@ -13,13 +13,14 @@ import "./tasks/vcf2maf.wdl" as vcf2maf


workflow {{ project_name }} {

String sample
File fastq_1
File fastq_2
File? normal_recaled_bam
File? normal_recaled_bam_index
String type
String SENTIEON_INSTALL_DIR
String SENTIEON_LICENSE
String sentieon_docker
@@ -178,7 +179,7 @@ workflow {{ project_name }} {
cluster_config=cluster_config
}
}
call TNseq.TNseq as TNseq {
input:
SENTIEON_INSTALL_DIR=SENTIEON_INSTALL_DIR,

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