YaqingLiu
/
Varscan2
Bevaka 1
Stjärnmärk 0
Förgrening 0
Kod Ärenden 0 Pull-förfrågningar 0 Släpp 0 Wiki Aktiviteter
Variant calling using Varscan somatic, processSomatic and somaticFilter based on BAM file.
Du kan inte välja fler än 25 ämnen Ämnen måste starta med en bokstav eller siffra, kan innehålla bindestreck ('-') och vara max 35 tecken långa.
14 Incheckningar
1 Gren
Gren: master
Grenar Taggar
${ item.name }
Skapa branchen ${ searchTerm }
från 'master'
${ noResults }
Varscan2/defaults

15 lines
858B
Rå Permalänk Blame Historik 

  1. {

  2.     "fasta": "GRCh38.d1.vd1.fa",

  3.     "ref_dir": "oss://pgx-reference-data/GRCh38.d1.vd1/",

  4.     "dbsnp": "dbsnp_146.hg38.vcf",

  5.     "dbsnp_dir": "oss://pgx-reference-data/GRCh38.d1.vd1/",

  6.     "dbmills_dir": "oss://pgx-reference-data/GRCh38.d1.vd1/",

  7.     "db_mills": "Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf",

  8.     "annovar_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/annovar:v2018.04",

  9.     "maftools_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/r-base:4.0.2",

  10.     "varscan_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/varscan2:v2.4.3",

  11.     "database": "oss://pgx-reference-data/annovar_hg38/",

  12.     "regions": "oss://pgx-reference-data/reference/wes_bedfiles/agilent_v6/SureSelect_Human_All_Exon_V6_r2.bed",

  13.     "disk_size": "200",

  14.     "cluster_config": "OnDemand bcs.a2.3xlarge img-ubuntu-vpc"

  15. }