ソースを参照

Fix bug: processSomatic cmd

master
YaqingLiu 4年前
コミット
8c7fd5db38
1個のファイルの変更1行の追加1行の削除
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      tasks/somaticFilter.wdl

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tasks/somaticFilter.wdl ファイルの表示

@@ -18,7 +18,7 @@ task somaticFilter {

java -Xmx12g -jar /opt/VarScan.v2.4.3.jar somaticFilter ${varscan_indel_somatic_hc} --min-coverage 10 --min-reads2 2 --min-strands2 1 --min-avg-qual 20 --p-value 0.1 --output-file ${sample}.VarScan.TN.INDEL.Somatic.filter.vcf

java -Xmx12g -jar /opt/VarScan.v2.4.3.jar somaticFilter ${i}.indel.LOH.hc.vcf --min-coverage 10 --min-reads2 2 --min-strands2 1 --min-avg-qual 20 --p-value 0.1 --output-file ${sample}.VarScan.TN.INDEL.LOH.filter.vcf
java -Xmx12g -jar /opt/VarScan.v2.4.3.jar somaticFilter ${varscan_indel_loh_hc} --min-coverage 10 --min-reads2 2 --min-strands2 1 --min-avg-qual 20 --p-value 0.1 --output-file ${sample}.VarScan.TN.INDEL.LOH.filter.vcf
>>>

runtime {

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