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tasks/VEP.wdl
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| perl ${vcf2maf_path}/vcf2vcf.pl \ | perl ${vcf2maf_path}/vcf2vcf.pl \ | ||||
| --input-vcf ${sample_id}.vcf --output-vcf ${basename}.norm.vcf \ | --input-vcf ${sample_id}.vcf --output-vcf ${basename}.norm.vcf \ | ||||
| $SAMPLE \ | $SAMPLE \ | ||||
| --ref-fasta ${reference} | |||||
| --ref-fasta ${ref_dir}/${fasta} | |||||
| # VEP annotation | # VEP annotation | ||||
| perl ${vep_path}/vep --format vcf --vcf \ | perl ${vep_path}/vep --format vcf --vcf \ | ||||
| --assembly ${ncbi_build} \ | --assembly ${ncbi_build} \ |
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