променени са 1 файла, в които са добавени 2 реда и са изтрити 2 реда
+ 2
- 2
tasks/VEP.wdl
Целия файл
| @@ -74,8 +74,8 @@ task VEP { | |||
| perl ${vcf2maf_path}/vcf2vcf.pl \ | |||
| --input-vcf ${sample_id}.vcf --output-vcf ${basename}.norm.vcf \ | |||
| $SAMPLE \ | |||
| --ref-fasta ${reference} | |||
| --ref-fasta ${ref_dir}/${fasta} | |||
| # VEP annotation | |||
| perl ${vep_path}/vep --format vcf --vcf \ | |||
| --assembly ${ncbi_build} \ | |||
Loading…