YaqingLiu
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PoN
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Generate the Panel of Normal files for TNseq and TNscope.
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8 Commits
1 Branch
Struktur: 45a0f764e7
Branches Tags
${ item.name }
Erstelle Branch ${ searchTerm }
von „45a0f764e7“
${ noResults }
YaqingLiu 45a0f764e7 Alter: input vor 4 Jahren
tasks Add: mergePoN vor 4 Jahren
README.md Add: mergePoN vor 4 Jahren
defaults Add: mergePoN vor 4 Jahren
inputs Alter: input vor 4 Jahren
samples.json Add: mergePoN vor 4 Jahren
workflow.wdl Alter: input vor 4 Jahren

README.md

README.md

Author: Yaqing Liu

Email: yaqing.liu@outlook.com

Last Updates: 07/04/2021

Requirements

  • choppy
  • Ali-Cloud
  • Linux

Panel of Normals

The Panel of Normals approach uses a set of matched normal samples to determine the baseline level from which to call CNV events. These matched normal samples should be derived from the same library prep and sequencing workflow that was used for the case sample. This allows the algorithm to subtract out system level biases that are not sample specific.

Usage

```