YaqingLiu
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PoN
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Generate the Panel of Normal files for TNseq and TNscope.
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18 Commits
1 Branch
Struktur: 08e96eca58
Branches Tags
${ item.name }
Erstelle Branch ${ searchTerm }
von „08e96eca58“
${ noResults }
YaqingLiu 08e96eca58 Alter: add bcftools_docker vor 4 Jahren
tasks Fix: task's name vor 4 Jahren
.DS_Store Alter: test vor 4 Jahren
README.md Add: mergePoN vor 4 Jahren
defaults Alter: add bcftools_docker vor 4 Jahren
inputs Alter: add bcftools_docker vor 4 Jahren
workflow.wdl Fix: workflow vor 4 Jahren

README.md

README.md

Author: Yaqing Liu

Email: yaqing.liu@outlook.com

Last Updates: 07/04/2021

Requirements

  • choppy
  • Ali-Cloud
  • Linux

Panel of Normals

The Panel of Normals approach uses a set of matched normal samples to determine the baseline level from which to call CNV events. These matched normal samples should be derived from the same library prep and sequencing workflow that was used for the case sample. This allows the algorithm to subtract out system level biases that are not sample specific.

Usage

```