LUYAO REN
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tasks/NGScheckMates.wdl
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| @@ -1,7 +1,6 @@ | |||
| task NGScheckMates { | |||
| File fastq_dir | |||
| File input_file | |||
| File out_dir | |||
| String docker | |||
| String cluster_config | |||
| String disk_size | |||
| @@ -10,7 +9,7 @@ task NGScheckMates { | |||
| set -o pipefail | |||
| set -e | |||
| nt=$(nproc) | |||
| python ncm_fastq.py -l ${input_file} -pt SNP/SNP.pt –O ./ -p $nt -s 0.3 -f | |||
| python ncm_fastq.py -l ${input_file} -pt SNP/SNP.pt –O './' -p $nt -s 0.3 -f | |||
| >>> | |||
| runtime { | |||
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