Selaa lähdekoodia

test annovar version

master
YaqingLiu 4 vuotta sitten
vanhempi
commit
1291485e45
1 muutettua tiedostoa jossa 1 lisäystä ja 1 poistoa
  1. +1
    -1
      tasks/annovar.wdl

+ 1
- 1
tasks/annovar.wdl Näytä tiedosto

@@ -13,7 +13,7 @@ task annovar {
set -o pipefail
set -e
nt=$(nproc)
table_annovar.pl ${vcf} ${database} -buildver hg38 -hgvs -out ${annotated_vcf} -remove -protocol refGene,cytoBand,genomicSuperDups,ljb26_all,dbnsfp35c,intervar_20180118,cosmic70,exac03,gnomad211_exome,clinvar_20200316 -operation g,r,r,f,f,f,f,f,f,f -nastring . -vcfinput -thread $nt
/usr/annovar/table_annovar.pl ${vcf} ${database} -buildver hg38 -hgvs -out ${annotated_vcf} -remove -protocol refGene,cytoBand,genomicSuperDups,ljb26_all,dbnsfp35c,intervar_20180118,cosmic70,exac03,gnomad211_exome,clinvar_20200316 -operation g,r,r,f,f,f,f,f,f,f -nastring . -vcfinput -thread $nt
>>>
runtime {

Loading…
Peruuta
Tallenna