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variant-calling
geforkt von YaqingLiu/variant-calling
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Germline & Somatic short variant discovery (SNVs + Indels) for WGS & WES.
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5 Commits
1 Branch
Struktur: 031f11adde
Branches Tags
${ item.name }
Erstelle Branch ${ searchTerm }
von „031f11adde“
${ noResults }
YaqingLiu 031f11adde Fix Bug: input vor 4 Jahren
.vscode first commit vor 4 Jahren
tasks Fix Bug: input vor 4 Jahren
.DS_Store first commit vor 4 Jahren
LICENSE.md first commit vor 4 Jahren
README.md Fix Bug: input vor 4 Jahren
defaults Fix Bug: input vor 4 Jahren
inputs Fix Bug: input vor 4 Jahren
workflow.wdl Fix Bug: input vor 4 Jahren

README.md

README.md

Author: Yaqing Liu

Email: yaqing.liu@outlook.com

Last Updates: 25/04/2021

Requirements

  • choppy
  • Ali-Cloud
  • Linux

Introduction

Variant calling pipeline from mapping to generating MAF files with three optional callers, i.e. TNseq, TNscope and Varscan2, for WGS and WES data.

Please carefully check the reference genome, bed file, etc.

Usage

open-choppy-env

choppy install YaqingLiu/variant-calling-latest

choppy samples YaqingLiu/variant-calling-latest --no-default
# sample_id,fastq_1,fastq_2

choppy batch YaqingLiu/variant-calling-latest samples.csv -p Project -l Label

# Query the status of all tasks in the project
choppy query -L Label | grep "status"