共有 1 个文件被更改，包括 1 次插入 和 1 次删除
+ 1
- 1
tasks/pindel.wdl
查看文件
| echo -e "./input/$bam_file_name\t$mean_insert_size\t${sample_id}" > ${sample_id}_config.txt | echo -e "./input/$bam_file_name\t$mean_insert_size\t${sample_id}" > ${sample_id}_config.txt | ||||
| pindel -i ${sample_id}_config.txt \ | pindel -i ${sample_id}_config.txt \ | ||||
| -f $${ref_dir}/${fasta} \ | |||||
| -f ${ref_dir}/${fasta} \ | |||||
| -o ./pindel_result/${sample_id} \ | -o ./pindel_result/${sample_id} \ | ||||
| -c all \ | -c all \ | ||||
| -T 4 \ | -T 4 \ |
正在加载...