LUYAO REN
6年前
1個のファイルの変更、2行の追加、2行の削除
+ 2
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tasks/mapping.wdl
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| set -o pipefail | set -o pipefail | ||||
| set -e | set -e | ||||
| STAR --genomeDir ${SAref_dir} --readFilesIn ${fastq_1} ${fastq_2} --runThreadN 20 --outFileNamePrefix OnePass_ | |||||
| STAR --genomeDir ${SAref_dir} --readFilesIn ${fastq_1} ${fastq_2} --readFilesCommand zcat --runThreadN 20 --outFileNamePrefix OnePass_ | |||||
| genomeDir=./twoPass | genomeDir=./twoPass | ||||
| STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir $genomeDir --genomeFastaFiles ${STref_dir}/${fasta} --sjdbFileChrStartEnd OnePass_SJ.out.tab --sjdbOverhang 75 --runThreadN 20 | STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir $genomeDir --genomeFastaFiles ${STref_dir}/${fasta} --sjdbFileChrStartEnd OnePass_SJ.out.tab --sjdbOverhang 75 --runThreadN 20 | ||||
| STAR --genomeDir $genomeDir --readFilesIn ${fastq_1} ${fastq_2} --runThreadN 20 --outFileNamePrefix ${sample}_ | |||||
| STAR --genomeDir $genomeDir --readFilesIn ${fastq_1} ${fastq_2} --readFilesCommand zcat --runThreadN 20 --outFileNamePrefix ${sample}_ | |||||
| >>> | >>> | ||||
| runtime { | runtime { |
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