LUYAO REN
6 년 전
1개의 변경된 파일과 2개의 추가작업 그리고 2개의 파일을 삭제
+ 2
- 2
tasks/mapping.wdl
파일 보기
| @@ -15,13 +15,13 @@ task mapping { | |||
| set -o pipefail | |||
| set -e | |||
| STAR --genomeDir ${SAref_dir} --readFilesIn ${fastq_1} ${fastq_2} --runThreadN 20 --outFileNamePrefix OnePass_ | |||
| STAR --genomeDir ${SAref_dir} --readFilesIn ${fastq_1} ${fastq_2} --readFilesCommand zcat --runThreadN 20 --outFileNamePrefix OnePass_ | |||
| genomeDir=./twoPass | |||
| STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir $genomeDir --genomeFastaFiles ${STref_dir}/${fasta} --sjdbFileChrStartEnd OnePass_SJ.out.tab --sjdbOverhang 75 --runThreadN 20 | |||
| STAR --genomeDir $genomeDir --readFilesIn ${fastq_1} ${fastq_2} --runThreadN 20 --outFileNamePrefix ${sample}_ | |||
| STAR --genomeDir $genomeDir --readFilesIn ${fastq_1} ${fastq_2} --readFilesCommand zcat --runThreadN 20 --outFileNamePrefix ${sample}_ | |||
| >>> | |||
| runtime { | |||
Loading…