原始数据和比对数据的质量控制

Author：Ren Luyao

Git: http://choppy.3steps.cn/renluyao/RNAseq_QC.git

Email: 18110700050@fudan.edu.cn

Date: 2020/02/09

APP概述

本APP包含了原始数据质量控制软件FastQC和FastqScreen和比对质量控制软件Qualimap，以及对多样本数据结果整合的multiqc。

APP输入

本APP只有一个输入即inputSamplesFile，包含了需要计算样本的fastq read1与read2，bam和bam的index。

这个文件是一个txt，tab分隔，第一列是read1的阿里云地址，第二列是read2阿里云地址，第三列是bam，第四列是bam index。每一行是一个样本。可查看模版inputSamplesFileExamples.tsv。

#read1	#read2	#bam	#bai

将准备好的inputSamplesFile文件上传至阿里云。

choppy samples文件中就填inputSamplesFile在阿里云上的地址。

APP输出结果

所有的结果都会整合进multiqc。

如果需要各模块详细的结果，可下载对应结果。