LUYAO REN
преди 4 години
променени са 1 файла, в които са добавени 2 реда и са изтрити 5 реда
+ 2
- 5
tasks/getBam.wdl
Целия файл
| String disk_size | String disk_size | ||||
| command <<< | command <<< | ||||
| cat ${region} | whlie read a | |||||
| do | |||||
| cat ${region} | whlie read a; do | |||||
| /opt/conda/bin/samtools view -b ${bam} "$a" > $a.${sample}.bam | /opt/conda/bin/samtools view -b ${bam} "$a" > $a.${sample}.bam | ||||
| /opt/conda/bin/samtools index $a.${sample}.bam | |||||
| done | |||||
| /opt/conda/bin/samtools index $a.${sample}.bam; done | |||||
| >>> | >>> | ||||
| runtime { | runtime { |
Loading…