nt=$(nproc) | nt=$(nproc) | ||||
#if [${regions}];then | |||||
# INTERVAL="--interval ${regions} --interval_padding ${interval_padding}" | |||||
#else | |||||
INTERVAL="" | |||||
#fi | |||||
sentieon driver -t $nt \ | sentieon driver -t $nt \ | ||||
-r ${ref_dir}/${ref_fasta} -i ${deduped_bam} \ | -r ${ref_dir}/${ref_fasta} -i ${deduped_bam} \ |