更新 'tasks/delly.wdl' · 9b38e55357 - Choppy for Reproducible Omics Pipeline

更新 'tasks/delly.wdl'

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9b38e55357

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															    String disk_size
															
															    String disk_size
														
															    command<<<
															
															    command<<<
														
															    set -o pipefail
														
															    set -e
														
															    nt=$(nproc)
														
															    make PARALLEL=1 -B /home/delly
														
															    export OMP_NUM_THREADS=$nt
														
															    /home/delly call -o ${sample}_delly.bcf \
															
															    /home/delly call -o ${sample}_delly.bcf \
														
															    -g ${ref_dir}/${fasta} \
															
															    -g ${ref_dir}/${fasta} \
														
															    ${tumor_bam} ${normal_bam}
															
															    ${tumor_bam} ${normal_bam}