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@@ -8,6 +8,7 @@ workflow {{ project_name }} {
String ref_fasta
File ref_flat
File? bed_file
String Polidy
File gc
File tumor_bam
File tumor_bam_bai
@@ -26,7 +27,7 @@ workflow {{ project_name }} {
ref_dir=ref_fasta_cnvkit,
fasta=ref_fasta,
ref_flat=ref_flat,
hrd=HRD.hrd,
Polidy=Polidy,
bed_file=bed_file,
tumor_bam=tumor_bam,
tumor_bam_index=tumor_bam_bai,

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