更新 'tasks/CNVkit.wdl' · 42fd30ea9b - Choppy for Reproducible Omics Pipeline

更新 'tasks/CNVkit.wdl'

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															        echo ${sample}
															
															        echo ${sample}
														
															        /root/miniconda2/bin/cnvkit.py batch ${tumor_bam} -n ${normal_bam} -m wgs -f ${ref_dir} --annotate ${ref_flat} -p $nt
															
															        /root/miniconda2/bin/cnvkit.py batch ${tumor_bam} -n ${normal_bam} -m wgs -f ${ref_dir}/${fasta} --annotate ${ref_flat} -p $nt
														
															        # Check noise
															
															        # Check noise