4 arquivos alterados com 5 adições e 1 exclusões
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tasks/fastp.wdl
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| @@ -6,6 +6,7 @@ task fastp { | |||
| String adapter_sequence_r2 | |||
| String docker | |||
| String cluster | |||
| String disk_size | |||
| String umi_loc | |||
| Int trim_front1 | |||
| Int trim_tail1 | |||
| @@ -55,7 +56,7 @@ task fastp { | |||
| docker: docker | |||
| cluster: cluster | |||
| systemDisk: "cloud_ssd 40" | |||
| dataDisk: "cloud_ssd 200 /cromwell_root/" | |||
| dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/" | |||
| } | |||
| output { | |||
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tasks/hisat2.wdl
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| @@ -6,6 +6,7 @@ task hisat2 { | |||
| String sample_id | |||
| String docker | |||
| String cluster | |||
| String disk_size | |||
| String pen_intronlen | |||
| Int pen_cansplice | |||
| Int pen_noncansplice | |||
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tasks/samtools.wdl
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| @@ -8,6 +8,7 @@ task samtools { | |||
| String ins_size = sample_id + ".ins_size" | |||
| String docker | |||
| String cluster | |||
| String disk_size | |||
| Int insert_size | |||
| command <<< | |||
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tasks/stringtie.wdl
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| @@ -4,6 +4,7 @@ task stringtie { | |||
| String docker | |||
| String sample_id | |||
| String cluster | |||
| String disk_size | |||
| Int minimum_length_allowed_for_the_predicted_transcripts | |||
| Int Junctions_no_spliced_reads | |||
| Float minimum_isoform_abundance | |||
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