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tasks/prepareaa.wdl
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| mkdir -p /cromwell_root/tmp/aaresult | mkdir -p /cromwell_root/tmp/aaresult | ||||
| /home/programs/PrepareAA-master/PrepareAA.py -s ${sample_name} -t 20 --cnvkit_dir /home/programs/cnvkit.py --sorted_bam ${dedup_bam} --run_AA --ref GRCh38 -o ${sample_id} | /home/programs/PrepareAA-master/PrepareAA.py -s ${sample_name} -t 20 --cnvkit_dir /home/programs/cnvkit.py --sorted_bam ${dedup_bam} --run_AA --ref GRCh38 -o ${sample_id} | ||||
| cp ${sample_id} /cromwell_root/tmp/aaresult | |||||
| cp -r ${sample_id} /cromwell_root/tmp/aaresult/ | |||||
| >>> | >>> | ||||
| runtime { | runtime { |
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