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@@ -28,10 +28,10 @@ The samplec.csv looks like this:
| --------- | --------- | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | ---------------- | ----------- | ------------ |
| FDU_D5 | 200 | oss://choppy-app-example-data/RNAseq/Downsampling_Quartet_RNAseqQC_12samples/Quartet_RNA_ILM_NovaSeq_RiboZero_FDU_D5_1_20190710_CleanData_R1_400k.gz | oss://choppy-app-example-data/RNAseq/Downsampling_Quartet_RNAseqQC_12samples/Quartet_RNA_ILM_NovaSeq_RiboZero_FDU_D5_1_20190710_CleanData_R2_400k.gz | false | true | true |

- sample_id 一般设置为文件输出前缀
- read1 R1 fastq 文件所在路径
- read2 R2 fastq 文件所在路径
- disk_size 磁盘空间,每一步中间文件大小做调整
- sample_id 一般设置为文件输出前缀
- read1 R1 fastq 文件所在路径
- read2 R2 fastq 文件所在路径
- disk_size 磁盘空间,每一步中间文件大小做调整
- pre_alignment_qc: 执行 fastqc 和 fastq screen 设置为 true,反之设置为 false
- qualimap_qc: 执行 qualimap bamqc 设置为 true,反之设置为 false
- trim_adapter: 使用 fastp 去 adapter 设置为 true,反之设置为 false

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