Преглед на файлове

revise samtools sort -m

tags/v0.1.0
stead99 преди 4 години
родител
ревизия
666f527e1e
променени са 1 файла, в които са добавени 1 реда и са изтрити 1 реда
  1. +1
    -1
      tasks/samtools.wdl

+ 1
- 1
tasks/samtools.wdl Целия файл

@@ -16,7 +16,7 @@ task samtools {
set -e
nt=$(nproc)
/opt/conda/bin/samtools view -@ $nt -bS ${sam} > ${bam}
/opt/conda/bin/samtools sort -@ $nt -m 2G ${bam} -o ${sorted_bam}
/opt/conda/bin/samtools sort -@ $nt -m 2GiB ${bam} -o ${sorted_bam}
/opt/conda/bin/samtools index -@ $nt ${sorted_bam}
/opt/conda/bin/samtools stats -@ $nt ${sorted_bam} > ${samstats}
/opt/conda/bin/samtools stats -@ $nt -i ${insert_size} ${sorted_bam} |grep ^IS|cut -f 2- > ${ins_size}

Loading…
Отказ
Запис