Kaynağa Gözat

revise samtools sort -m

tags/v0.1.0
stead99 4 yıl önce
ebeveyn
işleme
03e4cebb4d
1 değiştirilmiş dosya ile 1 ekleme ve 1 silme
  1. +1
    -1
      tasks/samtools.wdl

+ 1
- 1
tasks/samtools.wdl Dosyayı Görüntüle

@@ -16,7 +16,7 @@ task samtools {
set -e
nt=$(nproc)
/opt/conda/bin/samtools view -@ $nt -bS ${sam} > ${bam}
/opt/conda/bin/samtools sort -@ $nt -m 2GiB ${bam} -o ${sorted_bam}
/opt/conda/bin/samtools sort -@ $nt -m 1000000000 ${bam} -o ${sorted_bam}
/opt/conda/bin/samtools index -@ $nt ${sorted_bam}
/opt/conda/bin/samtools stats -@ $nt ${sorted_bam} > ${samstats}
/opt/conda/bin/samtools stats -@ $nt -i ${insert_size} ${sorted_bam} |grep ^IS|cut -f 2- > ${ins_size}

Yükleniyor…
İptal
Kaydet