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revise samtools sort -m

tags/v0.1.0
stead99 vor 4 Jahren
Ursprung
Commit
03e4cebb4d
1 geänderte Dateien mit 1 neuen und 1 gelöschten Zeilen
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      tasks/samtools.wdl

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tasks/samtools.wdl Datei anzeigen

@@ -16,7 +16,7 @@ task samtools {
set -e
nt=$(nproc)
/opt/conda/bin/samtools view -@ $nt -bS ${sam} > ${bam}
/opt/conda/bin/samtools sort -@ $nt -m 2GiB ${bam} -o ${sorted_bam}
/opt/conda/bin/samtools sort -@ $nt -m 1000000000 ${bam} -o ${sorted_bam}
/opt/conda/bin/samtools index -@ $nt ${sorted_bam}
/opt/conda/bin/samtools stats -@ $nt ${sorted_bam} > ${samstats}
/opt/conda/bin/samtools stats -@ $nt -i ${insert_size} ${sorted_bam} |grep ^IS|cut -f 2- > ${ins_size}

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