jingchengyang
/
rna-seq-tophat
Sledovat 1
Oblíbit 0
Rozštěpit 0
Zdrojový kód Úkoly 0 Požadavky na natažení 0 Vydání 0 Wiki Aktivita
RNA-seq pipeline with tophat2 + cufflinks + trimmomatic + fastqc
Nelze vybrat více než 25 témat Téma musí začínat písmenem nebo číslem, může obsahovat pomlčky („-“) a může být dlouhé až 35 znaků.
33 Revize
1 Větev
Strom: 92215e3fbb
Větve Značky
${ item.name }
Vytvořit větev ${ searchTerm }
z „92215e3fbb“
${ noResults }
stead99 92215e3fbb add-cluster před 5 roky
tasks add-cluster před 5 roky
.gitignore First commit. před 5 roky
LICENSE.md First commit. před 5 roky
README.md First commit. před 5 roky
defaults add-cluster před 5 roky
inputs add-cluster před 5 roky
workflow.wdl add-cluster před 5 roky

README.md

Arguments

# User Defined
read1: oss://pgx-storage-results/demo/Quartet-RNA-D5-3-test.clipped_R1.fastq.gz
read2: oss://pgx-storage-results/demo/Quartet-RNA-D5-3-test.clipped_R2.fastq.gz
baseout: Quartet-RNA-D5-3-test.clipped
idx_prefix: genome
genome_directory: oss://pgx-storage-results/yangjingcheng/reference/genome/
gtf: oss://pgx-storage-results/yangjingcheng/reference/genome/genes.gtf
adapter: oss://pgx-storage-results/yangjingcheng/reference/illumina_adapter/TruSeq3-PE.fa

# Default Value
fastqc_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/fastqc:v0.11.5
trimmomatic_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/trimmomatic:v0.3.8
tophat2_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/tophat2:2.0.14
cuffdiff2_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/cufflinks:v2.2.1