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rna-seq-tophat
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RNA-seq pipeline with tophat2 + cufflinks + trimmomatic + fastqc
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2 Commits
1 Branch
Struktur: 6d0e0de96e
Branches Tags
${ item.name }
Erstelle Branch ${ searchTerm }
von „6d0e0de96e“
${ noResults }
rna-seq-tophat/defaults

8 Zeilen
486B
Originalformat Blame Verlauf 

  1. {

  2.   "{{ project_name }}.gtf": "oss://pgx-reference-data/reference/annotation/Homo_sapiens.GRCh38.93.gtf",

  3.   "fastqc_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/fastqc:v0.11.5",

  4.   "trimmomatic_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/trimmomatic:v0.3.8",

  5.   "tophat2_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/tophat2:2.0.14",

  6.   "cuffdiff2_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/cufflinks:v2.2.1"

  7. 

  8. }