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rna-seq-tophat
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RNA-seq pipeline with tophat2 + cufflinks + trimmomatic + fastqc
選択できるのは25トピックまでです。 トピックは、先頭が英数字で、英数字とダッシュ('-')を使用した35文字以内のものにしてください。
1 コミット
1 ブランチ
ツリー: 5dca2f0a3d
ブランチ タグ
${ item.name }
ブランチ ${ searchTerm } を作成
'5dca2f0a3d' から
${ noResults }
YJC 5dca2f0a3d First commit. 5年前
tasks First commit. 5年前
.gitignore First commit. 5年前
LICENSE.md First commit. 5年前
README.md First commit. 5年前
defaults First commit. 5年前
inputs First commit. 5年前
workflow.wdl First commit. 5年前

README.md

Arguments

# User Defined
read1: oss://pgx-storage-results/demo/Quartet-RNA-D5-3-test.clipped_R1.fastq.gz
read2: oss://pgx-storage-results/demo/Quartet-RNA-D5-3-test.clipped_R2.fastq.gz
baseout: Quartet-RNA-D5-3-test.clipped
idx_prefix: genome
genome_directory: oss://pgx-storage-results/yangjingcheng/reference/genome/
gtf: oss://pgx-storage-results/yangjingcheng/reference/genome/genes.gtf
adapter: oss://pgx-storage-results/yangjingcheng/reference/illumina_adapter/TruSeq3-PE.fa

# Default Value
fastqc_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/fastqc:v0.11.5
trimmomatic_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/trimmomatic:v0.3.8
tophat2_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/tophat2:2.0.14
cuffdiff2_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/cufflinks:v2.2.1