jingchengyang
/
rna-seq-tophat
Sledovat 1
Oblíbit 0
Rozštěpit 0
Zdrojový kód Úkoly 0 Požadavky na natažení 0 Vydání 0 Wiki Aktivita
RNA-seq pipeline with tophat2 + cufflinks + trimmomatic + fastqc
Nelze vybrat více než 25 témat Téma musí začínat písmenem nebo číslem, může obsahovat pomlčky („-“) a může být dlouhé až 35 znaků.
1 Revize
1 Větev
Strom: 5dca2f0a3d
Větve Značky
${ item.name }
Vytvořit větev ${ searchTerm }
z „5dca2f0a3d“
${ noResults }
rna-seq-tophat/README.md

README.md 864B
Surový Normální zobrazení Historie

First commit.
před 5 roky
​
​
​
​
​
​
​
​
​
​
​
​
​
​
​
​
​
 123456789101112131415161718 
  1. ## Arguments

  2. 

  3. ```text

  4. # User Defined

  5. read1: oss://pgx-storage-results/demo/Quartet-RNA-D5-3-test.clipped_R1.fastq.gz

  6. read2: oss://pgx-storage-results/demo/Quartet-RNA-D5-3-test.clipped_R2.fastq.gz

  7. baseout: Quartet-RNA-D5-3-test.clipped

  8. idx_prefix: genome

  9. genome_directory: oss://pgx-storage-results/yangjingcheng/reference/genome/

  10. gtf: oss://pgx-storage-results/yangjingcheng/reference/genome/genes.gtf

  11. adapter: oss://pgx-storage-results/yangjingcheng/reference/illumina_adapter/TruSeq3-PE.fa

  12. 

  13. # Default Value

  14. fastqc_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/fastqc:v0.11.5

  15. trimmomatic_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/trimmomatic:v0.3.8

  16. tophat2_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/tophat2:2.0.14

  17. cuffdiff2_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/cufflinks:v2.2.1

  18. ```