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![somatic](C:\Users\think\Desktop\choopy使用说明\somatic.png)
![somatic](assets/somatic.png)

1. input:通常为二代目标区域测序所获得的fastq文件,通常包含 **Tumor** 和 **normal** 两种类型的数据;此外还应当包含有测序时使用的 `bed` 文件
2. Mapping:将测序所得的数据与参考基因组进行比对,找到每一条read在参考基因组上的位置,将结果信息储存在**bam**文件中,并对获得的 **bam** 文件进行质控

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