For RNA-seq data, from bam/fastq to AS sites files.
Vous ne pouvez pas sélectionner plus de 25 sujets Les noms de sujets doivent commencer par une lettre ou un nombre, peuvent contenir des tirets ('-') et peuvent comporter jusqu'à 35 caractères.

27 lignes
589B

  1. import "./tasks/rmats.wdl" as rmats
  2. workflow {{ project_name }} {
  3. String sample_id
  4. File b1_txt_file
  5. Array[Array[File]] b1_txt = read_csv(b1_txt_file)
  6. File b2_txt_file
  7. Array[Array[File]] b2_txt = read_csv(b2_txt_file)
  8. File reference_gtf_file
  9. String rmats_docker
  10. String rmats_cluster
  11. String disk_size
  12. call rmats.rmats as rmats {
  13. input:
  14. b1_txt_file = b1_txt_file,
  15. b2_txt_file = b2_txt_file,
  16. reference_gtf_file = reference_gtf_file,
  17. sample_id = sample_id,
  18. docker = rmats_docker,
  19. cluster = rmats_cluster,
  20. disk_size = disk_size
  21. }
  22. }