For RNA-seq data, from bam/fastq to AS sites files.
Vous ne pouvez pas sélectionner plus de 25 sujets Les noms de sujets doivent commencer par une lettre ou un nombre, peuvent contenir des tirets ('-') et peuvent comporter jusqu'à 35 caractères.

47 lignes
1.0KB

  1. task rmats {
  2. String sample_id
  3. File b1_txt
  4. File b2_txt
  5. File reference_gtf_file
  6. String docker
  7. String cluster
  8. String disk_size
  9. command <<<
  10. set -o pipefail
  11. set -e
  12. mkdir -p ${sample_id}/output
  13. mkdir -p ${sample_id}/tmp_output
  14. ### 命令行无需修改
  15. python /usr/local/bin/rmats.py --b1 ${b1_txt} \
  16. --b2 ${b2_txt} \
  17. --gtf ${reference_gtf_file} \
  18. -t paired \
  19. --readLength 150 \
  20. --nthread 4 \
  21. --od ${sample_id}/output \
  22. --tmp ${sample_id}/tmp_output
  23. find . -depth > fileList.txt
  24. >>>
  25. runtime {
  26. docker: docker
  27. cluster: cluster
  28. systemDisk: "cloud_ssd 40"
  29. dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/"
  30. }
  31. output {
  32. File fileList = "fileList.txt"
  33. Array[File] AS_txt = glob("${sample_id}/output/*.txt")
  34. Array[File] tmp = glob("${sample_id}/output/tmp/*")
  35. }
  36. }