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更新 'tasks/rmats.wdl'

tags/v4.1.1
chenqingwang 4 lat temu
rodzic
commit
ea87af817a
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      tasks/rmats.wdl

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tasks/rmats.wdl Wyświetl plik

task rmats { task rmats {
String sample_id String sample_id
File b1_1
File b1_2
File b1_3
File b2_1
File b2_2
File b2_3
File b1_txt
File b2_txt
File reference_gtf_file File reference_gtf_file




mkdir -p ${sample_id}/output mkdir -p ${sample_id}/output
mkdir -p ${sample_id}/tmp_output mkdir -p ${sample_id}/tmp_output
python /usr/local/bin/rmats.py --b1 ${b1_1},${b1_2},${b1_3} \
--b2 ${b2_1},${b2_2},${b2_3}\
python /usr/local/bin/rmats.py --b1 ${b1_txt} \
--b2 ${b2_txt} \
--gtf ${reference_gtf_file} \ --gtf ${reference_gtf_file} \
-t paired \ -t paired \
--readLength 150 \ --readLength 150 \

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