For RNA-seq data, from bam/fastq to AS sites files.
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vor 4 Jahren
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  1. import "./tasks/rmats.wdl" as rmats
  2. workflow {{ project_name }} {
  3. String sample_id
  4. File bam1
  5. File bam2
  6. File reference_gtf_file
  7. String rmats_docker
  8. String rmats_cluster
  9. String disk_size
  10. call rmats.rmats as rmats {
  11. input:
  12. bam1 = bam1,
  13. bam2 = bam2,
  14. reference_gtf_file = reference_gtf_file,
  15. sample_id = sample_id,
  16. docker = rmats_docker,
  17. cluster = rmats_cluster,
  18. disk_size = disk_size
  19. }
  20. }