修正格式错误

README.md

@@ -80,28 +80,28 @@ choppy install chenziyin/miRNAseq
 
 每个sample对应一个文件夹，内部结构如下：
 - call-Fastqc
-    - \*._fasqtc.html
-    - \*._fastqc.zip
+    - fastqc.html
+    - fastqc.zip 
 - call-TrimAdapt
     - <sample_id>.trimAdapt.fastq.gz
     - <sample_id>.trimAdapt.log
     - <sample_id>.trimAdapt.lengthDistribute
-— call-ReadFilter
-    — <sample_id>.trimAdapt.filter.fastq.gz
-    — <sample_id>.filter.log
-— call-Align2miRNA
-    — <sample_id>.align2miRNA.log
-    — <sample_id>.align2miRNA.sam
-    — <sample_id>.miRNAUnaligned.fastq.gz
-— call-Align2PreMiRNA
-    — <sample_id>.align2PreMiRNA.log
-    — <sample_id>.align2PreMiRNA.sam
-    — <sample_id>.PreMiRNAUnaligned.fastq.gz
+- call-ReadFilter
+    - <sample_id>.trimAdapt.filter.fastq.gz
+    - <sample_id>.filter.log
+- call-Align2miRNA
+    - <sample_id>.align2miRNA.log
+    - <sample_id>.align2miRNA.sam
+    - <sample_id>.miRNAUnaligned.fastq.gz
+- call-Align2PreMiRNA
+    - <sample_id>.align2PreMiRNA.log
+    - <sample_id>.align2PreMiRNA.sam
+    - <sample_id>.PreMiRNAUnaligned.fastq.gz
 - call-Align2piRNA
     - <sample_id>.align2piRNA.log
     - <sample_id>.align2piRNA.sam
     - <sample_id>.piRNAUnaligned.fastq.gz
-- call-Align2tRNA 
+- call-Align2tRNA
     - <sample_id>.align2tRNA.log
     - <sample_id>.align2tRNA.sam
     - <sample_id>.tRNAUnaligned.fastq.gz
@@ -109,7 +109,7 @@ choppy install chenziyin/miRNAseq
     - <sample_id>.align2RNA.log
     - <sample_id>.align2RNA.sam
     - <sample_id>.RNAUnaligned.fastq.gz
-- call-Align2Hg38 
+- call-Align2Hg38
     - <sample_id>.align2Hg38.log
     - <sample_id>.align2Hg38.sam
     - <sample_id>.Hg38Unaligned.fastq.gz
@@ -278,32 +278,29 @@ GCF_000001405.38_GRCh38.p12_genomic.fna.gz]
 
 ### B. FAQ
 
+
 **Q1 结果中没有检测到miRNA / miRNA检出率过低 **
 
 **A1.** 
 
-首先需要确认是否切接头成功。方法为打开～/Call-TrimAdapt/trimAdapt.log日志文件，查看Filtering result*项目下的：
-
-***reads with adpater trimmed***：该项为接头切除成功的read数，数值过低说明接头识别失败，需要检查提供的接头序列（```adapter_seq```）是否正确。
-
-之后打开～/call-ReadStats/<sample_ID>.readStats文件查看文库中片段组成：
-
-（1）***Adapter dimer***较高提示建库过程中连接效率低，文库产物被大量的引物二聚体所占据
-
-（2）***Low quality***较高提示此次测序质量较差，可以用于比对的片段占比较低
+首先需要确认是否切接头成功。
 
-（3）***Too short***：较高提示抽提/建库过程存在问题或者样本质量较差，导致文库中插入大量的短（16bp一下）片段
+1. 打开～/Call-TrimAdapt/trimAdapt.log日志文件
+2. 查看Filtering result*项目下的***reads with adpater trimmed***：
+    - 该项为接头切除成功的read数
+    - 数值过低说明接头识别失败，需要检查提供的接头序列（```adapter_seq```）是否正确。
+3. 查看Filtering result*项目下的***reads failed due to too long***
+    - 如果***reads with adapter trimmed***与***reads failed due to too long***两项之和不等于总read数，检查samples.csv文件中提供的***sequencing_length***是否填写正确
+4. 如果建库中使用4N接头，查看日志文件中是否进行了随机碱基切除（Trim 4 random base from both sides）
+    - 如果app没有进行该步骤，检查samples.csv中的```randomBase_in_adapter```一列是否填写正确
 
-（4）若***For align***： 项数值正常，而检测到的miRNA数量低，考虑
 
-​		a. 如果建库时使用了4N引物，
-
-​			查看samples.csv中，```randomBase_in_adapter```是否设置正确。
+之后打开～/call-ReadStats/<sample_ID>.readStats文件查看文库中片段组成：
 
-​		    查看～/call-TrimAdapt/**<sample_ID>.trimAdapt.log**日志文件，若其中没有trim 4 random base相关记录，则可能是```randomBase_in_adapter```设置不正确
+（1）***adapter dimer***（>20%)较高提示建库过程中连接效率低，文库产物被大量的引物二聚体所占据
 
-​			打开～ /call-LengthStats/**<sample_ID>.trimAdapt.lengthDistribute**，若片段主要分布在32bp附近，则很可能是4N碱基未切除成功
+（2）***low quality***较高(>10%)提示此次测序质量较差，可以用于比对的片段占比较低，可以结合fastqc.html结果查看原因
 
-​		b. 如果建库时未使用4N引物
+（3）***too short***：较高提示文库中存在大量短（16bp一下）片段，可能是抽提/建库过程存在问题或者样本质量较差，具体可结合 <sample_id>.trimAdapt.lengthDistribute 查看序列分布情况
 
-​		打开～ /call-LengthStats/**<sample_ID>.trimAdapt.lengthDistribute**，查看片段长度分布		
+（4）***Not from human genome***较高（>30%）时，建议手动查看原始序列，并将序列去接头后使用NCBI Blast判断可能的片段来源